Vous voulez un logo en bas à droite, et un logo en bas à gauche ? Facile :p

Afficher le logo blabla en bas à droite de tous vos slides :

\logo{blabla}

Avec graphicx :

\logo{\includegraphics[height=0.5cm]{monlogo.sonextension}}

Et enfin, pour en avoir un en bas à gauche aussi :

\logo{\includegraphics[height=0.5cm]{monlogo.sonextension}}
\setbeamertemplate{sidebar left}
{
\logo{\includegraphics[height=0.5cm]{monlogo2.sonextension}}
\vfill%
\rlap{\hskip0.1cm\insertlogo}%
\vskip15pt%
}

Et voilà, avec ça vous devriez avoir vos deux logos, un en bas à droite, l'autre en bas à gauche.